一、房地产项目风险
目前，信托参与房地产业主要有两种形式，进行房地产项目的开发建设和投资成熟物业。房地产开发需要经历立项、建设、竣工验收和销售、管理等诸多环节，因此其风险形式也多种多样，风险控制手段复杂，具有较高的专业化要求。现在的房地产信托产品大多投资于房地产开发领域，有的信托公司并不具有房地产专业管理的经验和能力，突出了房地产项目风险和风险控制的矛盾。
通常，信托公司通过控制抵押率、向项目公司派驻管理人员等控制项目风险。但这些风险控制措施都具有一定的局限性。房屋抵押权的实现取决于房产项目的顺利完成，如果因建设资金不足形成烂尾工程，或者因建设质量不合格、配套设施达不到建设要求，不能通过竣工验收，抵押权也无法实现。向项目公司派驻的管理人员必须具备一定房地产管理经验，但信托公司往往缺乏房地产评估、建设、管理等方面的专业人才，从而也限制了这些风险控制措施的作用。
即使是投资于成熟物业的房地产信托，也需要专业的房地产投资分析和投资管理人员。因为，把握房地产市场的变化和走势，必须系统考虑国家宏观调控政策、利率调整、消费文化等因素。而相关行业的发展情况、土地供应、建筑材料价格、消费者购买力等诸多因素的变化，也可能导致房地产市场价格产生较大的波动。
在现阶段，针对大多数信托公司房地产专业投资分析和管理能力不足的情况，风险控制的一个基本思路就是引入“外脑”，通过专业的房地产经营管理机构和中介机构提供专业化管理、咨询服务，借助专业机构的判断和管理，预见并有效控制房地产项目风险。这种结构设计与房地产信托基金类似，已经是一种行之有效的实践。在法律层面，《信托法》规定，受托人可以委托他人处理信托事务，这为房地产信托引入专业管理机构提供了法律基础。房地产信托将部分信托事务委托专业机构处理，以契约形式明确专业机构的权利、义务和承担的责任，既可以加强房地产信托的专业管理能力，各专业机构又分担了其责任范围内的风险，同时，各专业机构也以自身信誉为信托计划提供了无形担保，具有信用增级的作用。
二、资金挪用风险
在房地产开发项目中，一般以房地产项目本身的价值和经营收益作为收回投资的第一保障和来源。如果信托资金被挪用到其他项目上，开发商资金链条断裂，就会造成一系列的烂尾工程。为防止挪用情况发生，信托公司一般通过银行监管、根据项目进程拨划资金、向项目公司派驻财务人员、控制项目公司的财务用章等方式进行风险控制。
实践证明，这些控制措施基本能控制融资方的挪用风险，但也存在由于信托公司缺乏相关经验，融资方可能利用自身的专业优势编造用款理由等达到挪用目的的情况。同时，信托公司自身可能因内控制度不健全或管理人员的道德风险，借项目之名挪用资金。防范这些风险，除信托公司切实执行各种风险控制措施，加强内部管理和内控制度建设外，还应当建立银行托管制度，既可控制融资方的挪用风险，也能控制受托人的挪用风险。
银行作为信托财产的托管人，对信托财产的运用进行审核，拒绝不符合信托目的和信托文件规定的资金划付，可以更大程度上保障信托财产的安全。同时，银行可以指定专业机构审核融资方的用款请求，例如由银行指定房产项目的监理公司，由监理公司对项目的每笔用款出具意见，以做到专款专用。
三、信托财产流动性风险
房地产信托的信托财产多以土地、房屋、股权等形态表现，担保措施主要为土地、房屋等固定资产抵押。如果融资方未能按期偿还本息，受托人又无法及时变现信托财产或行使抵押权，则可能产生流动性风险。
房地产信托基金因为需要定期分配信托利益，对流动性风险较为重视，其风险控制措施也较多，例如保证一定比例的高流通性信托财产、制订投资策略时注意现金流的匹配性、引入流动性支持机构（例如银行）等。
对于单一投资项目的房地产信托，由于规模的限制，保持流动性财产、组合投资以保障流动性等常用的防范措施显然无法适用。现在主要采取的防范措施是要求融资方提前一定期间开始还款，以便给受托人一定的时间处理可能发生的流动性风险。但此种风险防范措施难以在根本上控制流动性风险。对此，可以借鉴房地产信托基金引入流动性支持机构的做法，例如与银行、保险公司等金融机构合作、成立专门的流动性支持备付基金等解决部分流动性风险问题。
四、集中投资风险
因单个信托计划的资金规模小，大多数房地产信托都是投资于单一项目，此类房地产信托都有一个固有的难以防范的风险，就是风险集中在一个项目上，没有风险释放机制。除了项目单一以外，信托期限较短也是产生此类风险的因素。一般的房地产信托期限多为一到二年，无法通过长期运作来化解短期产生的风险。
